融水苗族自治县古为百越地，无建置。秦属桂林郡。汉元鼎六年（公元前111年）为潭中县（地），属郁林郡。南齐建元三年(481年)置齐熙县，兼置齐熙郡，郡县治所均在今融水镇。南梁大同元年（535年)在今融水县城水东置东宁州。隋初撤齐熙郡；文帝开皇十八年(598年)东宁州改为融州，齐熙县改为义熙县；炀帝大业二年(606年)撤融州，将义熙县并人始安郡。唐武德四年(621年)复设融州，辖义熙、武阳、黄水、安修四县；武德六年(623年)，改义熙县为融水县(此为融水得名之始)。天宝元年(742年)改融水县为融水郡，乾元元年(758年)复为融州。五代十国时期仍设融州，辖融水县。宋至道三年(997年)为融州融水郡，崇宁初置清远军节度。大观元年(1107年)为黔南路帅府；大观三年(1109年)为下都督府。元朝置安抚司；至元十六年(1279年)置融州路总管府。二十二年(1285年)降为散州。明洪武二年(1369年)撤融水县并入融州。洪武十年(1377年)，降州为县(称融县)，属柳州府。清朝，融县名称不变，属柳州府。民国时期，仍称融县，先后隶属柳州府(1912年)、柳江道(1913年)、柳江区行政督察委员会(1926年)、柳州民团区(1930年)、柳州行政监督区(1934年)、第四行政区(1940年)、第二行政区(1942年)和第十五行政区(1949年)。

    中华人民共和国时期:1949年至1952年7月融县属柳州专区，其间，1949年11月融县解放，12月成立融县人民政府；1951年7月，融县人民政府从融水镇迁至长安镇。1952年9月成立融安县。1952年11月，以原融县中区为主，先后从罗城县划出今怀宝镇、杆洞乡、三防镇、汪洞乡、同练瑶族乡、滚贝侗族乡；从三江县划出今大浪乡、白云乡、红水乡、拱洞乡，成立大苗山苗族自治区(县级)，属宜山专区。1953年，从贵州从江县划出大年乡、安里乡和融安县的和睦、永乐乡归属大苗山苗族自治区。1955年改称大苗山苗族自治县，属宜山专区。1958年后改属柳州地区。1966年，“大苗山苗族自治县”改称“融水苗族自治县”，属柳州地区。2002年11月，融水苗族自治县划归柳州市管辖。